Une grande diversité d’espèces et de milieux parfois soumis à de fortes pressions

Les grands axes fluviaux (Loire-Allier, Rhône-Saône) et les cours d’eau associés, les lacs, les têtes de bassin versant alternent dans la région avec les prairies naturelles, les grands massifs boisés, les milieux montagnards, les zones humides ou tourbières et les pelouses sèches. Ils constituent un maillage de milieux remarquables parfois soumis à de fortes pressions anthropiques : artificialisation, intensification des pratiques agricoles, pollutions… Les projets et aménagements dans la région contribuent également à l’émergence et à la circulation d’espèces exotiques envahissantes.

La diversité des habitats se traduit par une grande richesse d’espèces faunistiques et floristiques. Outre les grands migrateurs (saumon, anguille, alose, lamproie...) et les prédateurs (loup, lynx) qui marquent le territoire, les milieux naturels présentent un intérêt essentiel pour la conservation de nombreuses espèces : avifaune migratrice, galliformes de montagne, écrevisse à pied blanc, bouquetin, cistude d’Europe, apron du Rhône…